《骷髅13》讲述了传奇杀手斋藤（代号骷髅13）在执行任务时意外救下一名被黑帮追杀的少女。原本冷血无情的他，却在少女身上看到自己逝去亲人的影子，内心泛起波澜。然而，任务目标竟是少女的父亲——一名掌握黑帮致命证据的会计师。斋藤在职业道德与人性良知间挣扎，最终选择背叛雇主，与少女联手对抗整个黑帮势力。在一场惊心动魄的枪战后，斋藤成功救出少女，但自己也身负重伤。影片以斋藤的独白结束：杀手也有心，只是习惯了冷漠。